57 年 9 月 成立「東港養蝦中心」,隸屬於台灣省水產試驗所台南分所。 59 年 7 月 改名「東港海產種苗繁殖中心」,直屬台灣省水產試驗所。 60 年 1 月 正名為「台灣省水產試驗所東港分所」。 87 年 7 月 改名「水產試驗所東港分所」,隸屬行政院農業委員會。
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