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峽谷地區可發現台灣獼猴、長鬃山羊、大赤鼯鼠、赤腹松鼠等哺乳類的蹤跡，綠繡眼、小雨燕、頭烏線等鳥類則不時飛越山谷間；砂卡噹溪谷是觀察溪流生態系最佳的場所，擁有河海迴游性的物種，如鱸鰻、台灣絨毛蟹等豐富物種。

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