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超音波無法穿透骨頭或空氣阻隔，若母親腹部組織過厚、胎兒姿勢不佳、骨頭阻礙與羊水過少都會影響檢查的準確性。胎兒非外觀的異常、如染色體異常、微小的缺陷、妊娠末期產生的疾病與異常等，並無法以超音波進行篩檢。

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