隨著新竹分院的成立，大腸直腸外科也將為新竹地區的民眾服務，本科隸屬外科部為一獨立次專科，編制有主治醫師一人、日後並將成立「腸造廔治療室」各種內視鏡如大腸纖微鏡檢查，以至各種腸道手術、肛門手術皆能執行。
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