生物科技系成立於民國八十三年，由碩士班開始，成為交通大學第一個生物科技相關的系所。八十七年博士班成立後，於八十八年正式招收第一屆大學部學生。九十年本系生化工程研究所開始招生，生物資訊研究所已於九十一年正式招生。
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