由於陳水扁在1999年競選總統期間,以候選人的身分與原住民族各族代表在蘭嶼共同簽訂「新伙伴關係」,因此,民進黨執政下的行政院曾於2003年6月3日與2007年11月14日,兩度通過「原住民族自治法(草案)」。
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