南投縣農會為業務需要設有會務課、推廣課、供銷部、保險部、會計課、輔導課、食品廠及旅遊部等八部門。 除食品廠設在南崗工業區內辦公外，全在本會辦公大樓辦公。另有濁水肥料倉庫、名間農場、霧社農場等事業場。
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