我國在過去對於海上治安秩序之維持一直交由海軍(R.O.C Navy)來統籌,然而基於兩岸情治及專業分工等因素,由原隸屬於內政部警政署保安第七總隊擴編成水上警察局,於89年2月中旬改隸屬於行政院海岸巡防署,改制為海洋巡防總局。
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