明治元年行政官指導將青嚴寺改號為金剛峯寺,之後,明治二年總宰聽又發佈了新的管理制度,設置了執政、副執政、参政、顧問、監司五個職位,鄰近的興山寺被成為寺院的管理所,在此之後二寺的合併,成為總本山金剛峯寺至今。
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