衛生署核准埔里基督教醫院為財團法人醫院。 1995.10.05. 舉行埔里基督教醫院建院四十週年感恩禮拜暨B棟大樓(喜樂樓)落成啟用。 1997.01. 成立中部山地醫療研究中心。 1999.09.21. 921大地震,埔里嚴重受創,埔基肩負起急難救助的。
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