警察局設置局長一人及副局長二人，主任秘書、督察長各一人。 下設3個分局，分別為 ：馬公分局、白沙分局、望安分局。 5個直屬隊，分別為： 刑事警察大隊、保安警察隊、交通警察隊、少年警察隊以及婦幼警察隊。
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