民國七十一年馬祖防衛司令部撥款新台幣兩百餘萬元重修文物館，全館分設為民俗、景文、振武及懷德等四廳。重修工程歷時約半年完成，並分別從北竿、東莒移來清代鹽碑、東莒燈塔霧砲等古蹟，陳列於館前，於次年元旦重新開館。
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